そうですね。
「作業用のブック」を具体的にどう使っていて、そこから「そもそもどこが保存したい範囲」だと（転記するしない以前の問題として）どうして判るのか、肝心の内容がまるで説明されていません。
でもまぁ、イチイチあなたの説明を待っていても始まらないので。
●Ｚ列に転記したら「済み」とマクロに記入させることにして、まだ済んでない行だけ転記する
とでもしてみましょう。
private workbook_BeforeClose()
dim r as long
dim myBook as wrokbook
dim w as worksheet
application.screenupdating = false
set mybook = workbooks.open(filename:="c:\test\BookB.xlsm") ’適切に記入する事
set w = thisworkbook.worksheets("シート名") '適切に記入する事
for r = 1 to w.range("A65536").end(xlup).row
if w.cells(r, "Z") <> "済み" then
mybook.worksheets("転記先のシート名").range("A65536").end(xlup).offset(1).resize(1, 20).value = w.cells(r, "A").resize(1, 20).value
w.cells(r, "Z") = "済み"
end if
next r
mybook.close true
application.screenupdating = true
end sub
それぞれのシート名とか、具体的にどこのセル範囲を転記したいのかとか、「記入済み行とそうでない行（転記するしないと関係なく）」がどこを見たら区別できるようになっているのかとか、そもそもブックＢがどこに置いてあるのかとか、説明がヌケているところはてきとーに書いてあるのであなたがご自分で適切に修正してください。
補足
ありがとうございます 仮に済の表示が違う列だった場合はZのところを変えればいいのですか