ピボットテーブルで対応することはできませんね。
例えば次のようにしてはどうでしょう。
A1セルに店名と項目名が有り下方にはスーパーマーケット名が入力されているとします。
B2セルには次の式を入力して下方にドラッグコピーします。
=LEFT(A2,3)
この式ではスーパーマーケットの系列名が3文字以上になっていることを想定しています。
C2セルには次の式を入力して下方にドラッグコピーします。
=IF(B2="","",IF(COUNTIF(B$2:B2,B2)=1,COUNTIF(B:B,B2),""))
これでAコープの場合でしたらB列にはAコーと表示されますがC列にはAコープの系列店の件数が表示されるでしょう。
上記を参考に工夫してみてはいかがでしょう。