ブレンドツールには当たり外れがあります。
結果が良い場合は便利なものですが、そうでない場合は修正が面倒なだけです。
手抜きはやめて一本一本パスツールで描いたほうが確実で早いです。
名前は忘れましたが、鈴木なんとかさんという人が臓器のイラストをIllustratorで描いていました。
ボールペンで書いた下絵を一本一本トレースして気が遠くなるような時間をかけていました。
が、上がりは手間をかけただけの事がある上がりでした。
すべてのパスを閉じてグラデーションをかけてあるのでデータ量が膨大で
4版のフィルム出力に数日かかることもあったらしいです。
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>ブレンドツールを使って描いていって手書きで描いたような感じにするやりかた
ブレンドする元の2つのパスに出来るだけ多くのアンカーポイントをつければいいかもしれません。
もちろんアンカーポイントの数を同じにするのは当然ですが。
それと、手描きの下絵があるのなら「Streamline」などでセンターラインのみのオートトレースをしてもいいでしょう。