北海道の広さと二泊三日という日程では、回れる範囲はかなり限られてしまうと思います。
その場合、"カップルにオススメの場所"っという漠然とした質問だと回答もアバウトな物になりやすいでしょう。
なので、もう少し条件や希望をはっきりとさせた方が、よりよいアドバイスがもらいやすいと思いますよ。
例えば、出発地はどこなのか？
つまり、羽田空港が利用可能な首都圏近郊からならば、道内への路線も便数も多いいので、朝早い便で出発して遅い便で帰るとか、行きと帰りを違う空港にしてコース設定したりが可能ですが、新千歳空港路線しかなく便数も少ない所からだと、回れる範囲が可成り絞られてしまいます。
また、道内での移動手段はどう考えているのか？
公共交通機関主体で行くのか？レンタカー移動を考えているのか？その場合、雪道運転は問題ないか？？っで、回り方や行き先が変わってきます。
あと何か希望っぽい物はないのかな？？
函館や小樽のような異国情緒探しの街角散策とか、人里離れた自然満載の所とか、温泉宿に泊まりたいとか夜景のきれいな高層ホテルが良いとか、なんかないのかい？？？
宿泊の予算とかも希望が有れば、いいかな。
とりあえず、漠然とした回答だが、
新千歳空港着～公共交通機関～登別温泉（または洞爺湖温泉） 観光＆宿泊
前泊地～公共交通機関～札幌 市内観光＆宿泊
札幌～JR～小樽 市内観光 ～JR～新千歳空港
とか
函館空港着 市内観光＆湯の川温泉泊
湯の川温泉～公共交通機関～洞爺湖・有珠山観光～公共交通機関～札幌泊
札幌～JR～小樽 市内観光 ～JR～新千歳空港
などなど
