フォルダを残してファイルが消えました

質問

一時バックアップ用に使っていたＨＤＤ（D:）の中のデータが、フォルダを残してすべて消えました。
FINALDATA、R-STUDIOデータレスキューなどで見ましたが、ファイル名が同じものは出てきますが、削除した覚えはないのに削除されたファイル扱い、しかも、ほとんどのファイルの容量が33kbか0kbになっていて、正しく復元できたのは数個しかありません。

経緯ですが、１／５にマシンが突如クラッシュして再インストール、その後（D:）からデータを戻し使っていました。もちろんWindowsUpdateはすべて適用、NortonAntiVirusも再インストールしてUpdate、正常に動いていました。
１／15のAM2：00ころまでは正常に（D:）も使えていて、中のファイルを読み出したり、ほかのフォルダへ移動したりといった作業もできました。
１／16、立ち上げるとＯＳの調子がおかしく（ＬＡＮが繋がらない）、再起動しているうちに "NTLDR Is Missing" となり、修復インストールもできず、しょうがないので（C:）以外のＨＤＤはすべて取り外して再インストールをしました。
ＯＳは正常にインストールでき、ＬＡＮも繋がったのですが、さてバックアップからデータを取り出そうと（D:）ドライブを繋いだのですがフォルダだけ残してファイルがなくなっていました。

OS:XP Pro　PC:自作機 PC2700-512MB
HDD（C:）ウェスタンデジタルのシリアルATA　37GB
HDD（D:）seagate 80GB 7200回転 IDE
バックアップに使っていたソフト（今回の再インストールには一切使っていません）：V2i Protector

とりあえず重要データはサーバーにあるので諦めは付きますが、また同じようなことがあったら嫌なので原因だけでも知りたいです。

回答No.1

heyboy

自分はあまりソフトウエアを
信用していません。
なぜかと言うと
システムの環境で左右されやすい
からです、、、。
（例えば何かＤＬＬを通すならば
そのＤＬＬや関係のＤＬＬなど
壊れていたらＯＵＴですから、、。）

自分ならばデーターは
バックアップソフトに頼らず
もう一台ハードディスクを
買ってきて生データーのままで
バックアップいたします。

補足

データはすべてサーバーを設置して、そこに逃がすのでなく、グループ作業ですからサーバー上で運用するようにしています。
（事務所ですのでサーバーが２台あります）
今回（D：）にバックアップしてあった中で惜しかったのは、ソフトの設定その他…生ファイルとしてはどこにも出せないものだったのです。
また、似たような事例が起こった場合の対処方法を知りたいのであって（普通の個人宅にはサーバー設置の予算はないでしょうから）、私個人、会社としては今後どのようにしたら安全かという方法はいくらでも考え付くので…
質問の仕方がまずかったのであればごめんなさい。
あくまでも、原因もしくは似たような事例があるかどうかを知りたいのです。