はじめまして♪
「きのこ」は土や樹木に入り込んだ菌が順調に育って外に子孫を増やす為に出て来た部分です。
まぁ、トマトも根や葉が育って、子孫を残す為に結実した「実」を人間が美味しく戴く部分ですね。
きのこの種類により、おいしいきのこもあり、特にシイタケやマツタケ、しめじなどはご存知でしょう。
ただ、きのこ の中には食べても美味しく無いものや、毒素が有って人間が食べられない物等様々ですね。（魚だって猛毒のふぐなんて言う種類も居ますね。）
たまたま利用した土にキノコの菌が有り、トマト栽培中にそのキノコの菌種に良い環境だったから成長し胞子を巻く為に地上に出て来たのでしょう。
一般的に食用とか猛毒と言われる種類のきのこで無ければ、基本的には無視して良いのですが、気になるなら摘み取って捨てる、周囲の土を少し取り出して新しい土を補充すると言う程度で大丈夫です。
トマトは基本的に多少の乾燥に強いので、一週間に２回程度 葉っぱがダラダラに成る程しおれるまで水を控えても大丈夫です。
其の結果、土内の菌種は大量に繁殖出来にくく成ります。
トマトにとっては、水が不足に成る事で、味は濃く成りますが、同時に水分を逃がさないように皮が硬めに成るので、皮ごと食べたいミニトマトの場合はあまり乾かさないようにしがちですね。
たまたま、その環境に適合したきのこ菌が育っただけですので、トマトには影響無しですよ。
土からじゃないきのこ、しいたけ、まつたけ、なめこ、まいたけ、この中で まつたけ まいたけ は生きてる樹木に寄生しますので、樹木にとっては邪魔者です。
純粋な土や砂にはほとんどきのこは発生しませんので、腐葉土等の有機肥料が豊富な土、自然環境により理想的な土でトマトを育てていたとも考えられます。
専業農家等でも昔からの栽培をする場合には堆肥や腐葉土、牛分や鶏糞などを多用するとキノコや雑草も盛大に育ちますので、雑草は目的植物への栄養素を奪うから毎日の様に抜き取り、キノコは毎年見かける物は無視し、違う種が出て来たら肥料や温度や湿度や水掛け管理の違いが有る可能性を疑うと言う程度だそうです。
堆肥や腐葉土、素材の稲や落ち葉の種類とか、腐らせ方（発酵）が不十分だったのかなど、来年のために参考にすると言うのを聴きましたよ。
単年度の収穫には問題ないとの事ですから、来年の土状態の為に考える程度です。
プランターでしたら、収穫して枯れてから土を乾かしたりで大丈夫でしょうし、畑の場合は耕す方法や時期、土壌の性質（地域）によっては酸性／アルカリ性の調整や、水はけの問題で追加する肥料や砂や土の配分を考えましょう。
なお、地表の全体を覆う程のキノコ発生は大変な状況に成る場合もあり、目的植物が駆逐されたらどうにも成りませんが、横にキノコがチョコチョコ出て来た程度でしたら気にしなくても大丈夫ですよ。
なお、キノコを取り除いた手で、他の土にそのまま触れますと、菌を移動させる事にも成るので、取り去った後は手洗いしてから次の農作業をお勧めいたします。
実際に見てみませんと断言はできませんが、おそらく私なら無視して触れずにトマトの成長と収穫だけで楽しめそうな感じですよ。
有期刑肥料の完全な発酵（腐り方）が少し未熟で、発酵過程の菌とは違ったキノコの菌が繁殖して成長した部分が出ただけでしょう。 気にしなくて良いと思います。
あとは、土の素性や肥料とかの関係、トマトを植えてからの環境等を考えてみて、トマトの生育に影響が有るかどうか、また発生したキノコが猛毒種で無い事を確認すれば、完全に安心出来るでしょうね。
とても心配性ならいろいろネットで調べてみてください。 其の結果から、安心してキノコを無視出来るように成ると良いですね。 がんばってください♪
お礼
詳しくありがとうございます。 キノコ無視します！笑