本体のバージョンが上がる毎に便利な機能が追加されたりあまり必要ない(PS3を設計している会社が必要ないと判断した)機能が削除されたりしています。薄型はBRAVIAリンクに対応したりしてます。薄型の中でも型番が新しくなるにつれ本体の最大消費電力はどんどん減らされてますし、重量も軽くなってます。
しかし逆に薄型はPS3でPS2のゲームをプレイできる機能が削除されています。これは値段を下げるためです。PS3とPS2のCPUは命令セットが違うのでPS3でPS2のゲームをするためにはPS2のCPUものせなければなりません。するとPS3+PS2に近い値段になります。
ただ、旧型は今中古で値段が下がっている可能性もありますのでよっぽどPS2のゲームがしたいのなら電力や重量の利点を犠牲にしてでもそちらを選ぶのもいいかもしれません。