アイテム（武器）はタイトル画面→インポート→アイテムをインポート（？）で該当の武器を選択してインポートすれば共有倉庫に入ります。
ミッションコードはマイシップのコードカウンターで取得（登録）します。
コードカウンターに行くと登録可能なミッションが表示されます。
ダウンロードしたデータはアイテムやミッションごとに個別に保存されていないので、個別にデータを消すことはできません。
消すなら「ダウンロードデータ」すべて消すことになります。
そもそも、ＰＳＰo2iのダウンロードデータのみを削除したところで、１ＭＢにもならないでしょうし、たいして容量増えないですよ。
容量を増やしたいなら、やっていないゲームのインストールデータ（セーブデータではなくゲームデータ）を削除するのが一番良いです。
それでも消したいと言うのなら、私は実際消したことがないので解りませんが、おそらくはダウンロードデータに保存したものをセーブデータに取りこむという流れだと思うので、一度取り込んでゲームをやってセーブした時点で消しても問題はないのではないかと思います。
ただ、ダウンロードで取得したアイテムやその他に影響が無いとは言い切れませんので、自己責任で削除するか、サポートに問い合わせをしてから消した方がよいかと思いますよ。
他の配信ミッションは再ＤＬすれば済むことですが、キズナセットはコードの再登録ができませんから、もし登録したコードから引っ張ったデータがダウンロードデータ以外のどこかに再取得可能な形で保存されていない限り、ダウンロードデータを消すと、アイテムとミッションの再取得が不可能になると思いますので。
