iPadを使ったことがないので推測ですみませんが、映像ファイルはiTunesでアプリのファイル共有機能を使ってiPadに読み込ませるのだと思われます。
MacにiPadを接続してiTunesに認識されている状態で、iTunes左ペインのデバイスのiPad名をクリックすると右側にiPadの設定画面が表示されます。ここで、上に並んでいるタブから「APP」をクリックして下の画面をスクロールするとファイル共有のリストが表示されます。そこにVLC media playerが表示されていたらこれを選んで、右の「追加...」ボタンを押してディスク上にあるaviファイルを指定すると次の同期でiPadのアプリ内に映像ファイルが読み込まれると思われます。
以上、すべて推測で書きましたので実際の名称や位置については違っているかもしれません。
お礼
ご回答ありがとうございます。 まさに求めていた答えです! できるかどうか試してみます!