データの構成や検索側、非検索側のデーターの量（特に ここで言うファイル「Ａ」の量）がよく掴めないのと、『散らばったデータ「Ｂ」』がどんな形で分散しているのか、不明ですが、
「Ｂ」のデータが定形の表の中の一部として適所に分散している場合、回答２の方法では不向きだと思われます、また仮にＡ列に１列に整列してたとしても、置換されたデータはＢ列に、置換対象とならなかったデーターはＡ列にそのまま残ると思います、ひと塊のデータとするには、Ａ列の置換対象とならなかったデータと、置換されたＢ列のデータを、合成する必要があるように思えます。
そんなこんなで、ファイル「Ａ」の量がそんなに多くなければ、何も考えずに標準の「検索・置換」でやったほうが、結果的に早く済む可能性もあります＾＾
ただし、ファイル「Ａ」が多かったり、頻繁にこういった処理が必要なら、
汎用のツールとして簡単なマクロを常備しておくのも いいと思います。
以下に よく使ってるツールの中から引っ張り出した物を載せてみます。
一部 質問の内容に合わせて修正してますので、このまま使えると思います。
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Sub 置換()
Dim 検索文字 As String
Dim 置換文字 As String
Dim R As Integer
R = 2 '検索文字・置換文字は2行目から下へ配置されている（配置状況で変更）
Do Until Sheets("A").Cells(R, 1).Value = "" '検索・置換文字はシートAに配置
検索文字 = Sheets("A").Cells(R, 2).Value '検索文字は2列目に配置されている
置換文字 = Sheets("A").Cells(R, 1).Value '置換文字は1列目に配置されている
Selection.Replace What:=検索文字, Replacement:=置換文字, Lookat:=xlWhole
R = R + 1 '「完全に同一」=xlWhole、「含まれる」=xlPart ↑
Loop
End Sub
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ここでは汎用性があるように置換・検索文字は シート名 A の A列とB列の2行目から入ってます。
質問のデータでしたら、一括で選択して[データ]→[区切り位置]→[コンマ区切り]で 同じようなデータに分割できます。
上記のコードを置換・検索文字のあるファイルの 標準モジュールにコピ・ぺして、
置換される側のセル範囲を選択して（少し広くても構わないでしょう）、選択状態のまま、このマクロを
起動すれば、すぐに終わるでしょう。
くれぐれも 予備のファイルで やってみてください＾＾；
