データの照合だけは次のマクロで出来ます。
Sub Macro1()
'
' Macro1 Macro
' マクロ記録日 : 2010/8/23 ユーザー名 :
'
Dim mygyo As Integer, myretu As Integer
For mygyo = 2 To 4
For myretu = 2 To 5
If Worksheets(1).Cells(mygyo, myretu) = Worksheets(2).Cells(mygyo, myretu) Then
Worksheets(3).Cells(mygyo, myretu) = Null
Else
Worksheets(3).Cells(mygyo, myretu) = "X"
End If
Next
Next
'
End Sub