ATOKは結構OSのバージョンとの相性問題とでも云うか、動作しなかったり不具合を起こしたりするようです。
ATOK17自体が動作環境にMac OS X v10.3~v10.1(Mac OS X v10.2以降を推奨)となっていますから10.4は動作には制限がある様です。
このページには質問にある様なトラブルは無いのですが、これはIllustratorと云う別のメーカーのソフトとの組み合わせなので検証していないのです。
取り合えずアップデートしてみてください。
http://www.justsystems.com/jp/os/macosx/index.html#osx4
お礼
ご丁寧にありがとうございました。
補足
ありがとうございました。 いろいろ、やってみましたがユニバーサル設定を変更して 何とか解決できました。 いろいろご回答をいただきまして感謝致します。