どこかの書籍かWebサイトのサンプルでしょうか?フィルタオプションのand条件を、行方向にずらずらと並べていくという、それほど沢山の条件に対応するつもりのない、コードだと思います。
「改造は無理なので(2007なら動くかも)、Accessに移行してクエリを使うと良いでしょう」と言ってしまうと、身も蓋もないので、こしらえてみました。シート内の列配置等が明確でないので、簡略化したモデルで試しておりますので、勘違いもあるかもしれません。最近「高速化」について、色々試しておりましたので、全て一旦配列に取り込んでから処理し、ワークシートに書き戻しています。と、言うことで分かりやすいコードではありません。興味を持たれたらお勉強してください。分かりやすいやり方だと、データ数が増えた場合、イラっとする程度待たされると思います。
Sub test()
Dim ws1 As Worksheet
Dim ws2 As Worksheet
Dim ws3 As Worksheet
Dim myRowCount As Long, myColumnCount As Long
Dim i As Long, j As Long, counter As Long
Dim customerList As Variant
Dim salesData As Variant
Dim myDic As Object
Dim myKey As String
Dim unRegistered() As Variant, unRegistered2() As Variant
Set myDic = CreateObject("Scripting.Dictionary")
Set ws1 = Worksheets("顧客")
Set ws2 = Worksheets("売上")
Set ws3 = Worksheets("未登録")
myRowCount = ws1.Range("A1").End(xlDown).Row
myColumnCount = ws1.Range("A1").End(xlToRight).Column
customerList = ws1.Range(ws1.Cells(2, 1), ws1.Cells(myRowCount, myColumnCount))
myRowCount = ws2.Range("A1").End(xlDown).Row
myColumnCount = ws2.Range("A1").End(xlToRight).Column
salesData = ws2.Range(ws2.Cells(2, 1), ws2.Cells(myRowCount, myColumnCount))
'顧客コードリストをdictionary(連想配列)に読込
For j = 1 To UBound(customerList, 1)
myKey = CStr(customerList(j, 1))
If Not myDic.exists(myKey) Then myDic.Add myKey, ""
Next j
counter = 0
'売上データの顧客コードをdictionaryと照合し、未登録データを配列に入れる
For i = 1 To UBound(salesData, 1)
myKey = CStr(salesData(i, 1))
If Not myDic.exists(myKey) Then
counter = counter + 1
'Redim Preserveの都合上、縦横入れ替え
ReDim Preserve unRegistered(1 To myColumnCount, 1 To counter)
For j = 1 To UBound(salesData, 2)
unRegistered(j, counter) = salesData(i, j)
Next j
End If
Next i
'配列の行、列入れ替え(Application.transpose関数はデータ数5461が最大らしいので)
ReDim unRegistered2(1 To UBound(unRegistered, 2), 1 To UBound(unRegistered, 1))
For i = 1 To UBound(unRegistered, 1)
For j = 1 To UBound(unRegistered, 2)
unRegistered2(j, i) = unRegistered(i, j)
Next j
Next i
'ワークシートに貼り付け
ws3.Range("A1").Resize(UBound(unRegistered, 2), UBound(unRegistered, 1)) = unRegistered2
End Sub