イエローカードの提示が義務付けられたのは昨年始め頃からだったでしょうか?その頃ボリビアに住んでおりました。ボリビアからチリに出かけて帰るとき、日本に一時帰国してアルゼンチンからボリビアに入るときの2回入国しましたが、イエローカードの提示を求められたことはありませんでした。その後日本から来た友人もイエローカードのことは何も言われなかったそうです。ですから現地ホテルの人のいうこともある程度正解だと思います。
ただ正式には必要となっているのですから、このまま緩い状態が続くのか、それともルール通り厳しく見るようになるのかは全く分かりません。向こうに住んでいた時の経験からすると、外国人への扱いというのは外交関係に非常に左右されます。居住ビザの申請をしていた時などアメリカや、ヨーロッパ諸国との外交上の問題が生じるとすぐに報復措置としてボリビア側の外国人に対する要求も高くなったりします。それも何の前触れも無く突然に、です。
ですから国境で入国拒否をされるということを絶対避けたいのなら、注射を受けた方が確実です(実際は無くてもOKという可能性が高いですが)。
ちなみに私はボリビア在住時に、黄熱病の予防注射の無料キャンペーンをやっていたので向こうで注射を受けましたが、アレルギー反応がでて1年ぐらいじんましんが出てました。あちらで普通に売っている薬も日本人は合わないものも多いので予防注射の薬も…ということもあるかもしれません。受けるなら日本で受けるのが最善という気がします。