Narita－Washington－Ottawa がもし同一航空会社だとすると、おそらく該当するのはUAしかないと思いますが、UA利用でしょうか？
もう随分（10年以上）前ですが、UAで成田発シカゴ乗り継ぎでトロントに行った際、やはり一時間半ぐらいしかない接続だったのですが、シカゴ着が整備トラブルで遅れてしまい、間に合いませんでした。その時はUAのカウンターに「ディレイした○○便に乗っていたので乗り継ぎ便に間に合わなかった」と申し出るとすぐ次の便に振り替えるチケットを手続きしてくれました（幸いシカゴートロント間は結構便数が多かったので1～2時間待つぐらいで済みました）。
> カスタム等で戸惑っていたら、
乗り継ぎ便までの時間があまりない場合は、その旨を係員に申し出ると、列の後ろの方でも優先的に先に審査を受けさせてもらえるかもしれません。
UAではありませんが、別の北米での乗り換えの際、審査が長蛇の列になってしまってこのままだと絶対乗り換えに間に合う時間までに自分の順番が来ない、と確信したのでだめもとで訴えましたらあっさり・すんなり先に審査を通してくれました。
＃ちなみに質問者様は過去の履歴からすると英語力もおありで北米での生活にも慣れてらっしゃる方とお見受けしましたので、トラブルの際はいくらでも確認や交渉などの対応がおできになるでしょうから、あまりご心配いらないのでは。
お礼
ご意見、ありがとうございました。 並んでいて時間が間に合わなさそうであれば、係員に申し出てみることにします！