はじめまして。銀魂大ファンの、一OKWaveユーザーです。
「色んなのがごっちゃになってる」との事ですが、この作品は元々そういう作品です。
基本的には短い話数で終る話が殆どですが、たまにシリアスな話があったり、
たまにバトル展開になったりする長編などがあったりしますが、
参照URLにもある通り、「SF時代劇の体裁をとった人情コメディギャグ漫画」です。
疑問点がもう少し的確ですと、こちらもそれに沿った的確なアドバイスが出来るのですが…。
アニメの方（※テレ東系地上波を基準）は現在、ien-さんが仰られてる通りです。
ien-さんは「原作で余り好きでなかった話なので、アニメは見てない」と言っておられますが、
個人的には「銀魂らしく色々やらかしてくれていて、相も変わらず面白い」と思います。
ただ、銀魂のアニメ内でも散々ネタにされたいるのですが、
「原作のストックが僅かしか無い状態」で現在アニメを放送しているので、
「銀魂の性質上、原作に追いついてしまってはアニメの存続に関わる」として、
あの手この手で何とか尺を引き伸ばそうとしている辺りも、最近のアニメ・銀魂の見どころです。
