私はタイムアタックを試みたことはありませんが、
ペルソナ3FES、ペルソナ4ともに敵とのレベル差によって取得経験値に補正がかかりますので
より強い敵(上の階の敵や紫シンボルの敵)を弱点や状態異常をうまく使って倒すことで
より少ない戦闘回数でレベルアップすることができ
ダンジョンへの出撃回数も少なくすることができると思います。
また、ペルソナ合体の際にいろいろ試行錯誤したり
魔法継承にこだわって決定とキャンセルを繰り返すことでも時間を食いますので、
事前に作成するペルソナを決めておいたり
アイテムの使用や仲間の所持魔法の活用
コミュニティによるレベルアップなどを利用して
必要な魔法の確保手段として魔法継承に頼らないことも有効かと思います。
究極的に時間を短縮するのなら
それぞれのボスやダンジョンのエリアの攻略の際に必要なペルソナを決めて
それらに関係しないコミュニティは一切無視して
出撃やコミュニティ育成のスケジュールを事前に全て決めたり、
(どちらも必要の無い日は寮や家にまっすぐ帰る)
AIの行動を把握し必要な魔法を使ってもらえるよう適切な指示を出すこと、
(4でも適切に動いてもらえるのならオートの方が戦闘時間が短くなる)
4の場合はレベルが十分に上がっても装備を作ってもらうための素材が集まっていない場合は
レベルが上がる前のセーブデータからやり直すことなども必要になると思います。