1000年女王が999ではラスボス、っていうか999劇場版ではヒロインのメーテルがクライマックスで主人公を裏切る。
装甲騎兵ボトムズで、演技だけど、主人公キリコがクライマックスで敵側に寝返る。
仮面ライダー剣ではサブ主人公のギャレンが寝返る。もっとも終盤主人公もわけのわからない行動を取って周囲を危険にさらすが。結構、その他、味方と思われた人物が実は敵だったり、敵と思われる人物（？）が味方だったりする話です。
アイアンキングも主役、っつても人格を持ったロボットだけど、敵側に乗っ取られました。（これはリモコンを奪われた鉄人28号と話の展開は一緒かも？）
冥王計画ゼオライマーって、一番の敵と主人公が同一人物（？）です。
ゲッターロボ。流竜馬。最初の作品では主役ロボを操るヒーロー。真ゲッターで敵としてゲッターと戦うことになります。（この２作のアニメは繋がってはいませんが、真ゲッターの設定上はそうなる）
Witch Hunter ROBIN。
前半狩っている主役が後半狩られる側になる。
コミック上ではキカイダーがイナズマンに客演したときは主人公の敵として登場。（詳細はWikiなどで検索のこと）
鬼太郎も牛鬼になって敵に回ったことも。
ジャイアントロボ（アニメ）で主役を張った草間大作は鉄腕GinReiで敵側の組織に寝返りました。
ケロロ軍曹率いるケロロ小隊。おまえら、いったいどっちの味方だ？って感じですが、一応、挙げときます。
戦闘メカザブングル。前半ヒロインの一人でしたが、後半敵に回ります。
ゴジラシリーズ。作品ごとに人類の味方だったり、敵だったり。
平成ガメラも１作目では人類の味方側に立っていましたが、３作目では人類から敵視されていました。
巌窟王。復讐劇の主人公の人格が最後の最後で敵に変わる、と言っていいでしょう。
攻殻機動隊SAC。前半の主役部隊が後半は敵として処分されそうになります。そういや、その部隊の隊長が、攻殻機動隊SSSの序盤では敵対行動を示します。
最近リメイクが発表されたプリズナーMo.6。
Xメン１作目と３作目で主役ミュータントたちの立場が変化。
エイリアンでエイリアンに敵対していたシガニー・ウィバーがエイリアン４では保護する側に。（まあ、同一人物とは言い難いが）
ガンダムSEEDで主役だったキラが、その続編でラスボスに（見方を変えると、途中から主役をかっさらったという感じだが）
お礼
ありがとうございます。 幅広いジャンルにわたっていますので、一つずつ確かめながら見ようと思います。