ここの掲示板だけではありませんが、
「指定券の発駅から乗車しないと無効になる」というのはよく見かけますね。
しかしJRの規則にはそのような記載はありません。
(1)正規の旅客が指定された発駅から乗車しない
(2)車掌等が別の旅客に席番(または号車)を指定して発売する
この両方の条件がそろった場合に、正規の旅客は指定された座席の請求権を失うだけで、
手持ちの指定席特急券が無効(=紙切れ)になるとはどこにも書いてありません。
そもそも(2)については、JR側の内部規定においても、
実行は相応の空席がある(見込まれる)場合に限るとなっていますし、
車内で発売する場合では、ごく一部の例外を除いては席番を指定しません。
(通常席番指定する場合は、指令に連絡して確保するか車掌持ちを開放するかです)
したがって、たとえ指定された発駅から乗車しないケースであっても、
おかしな運用をされない限り座席の優先権は事前購入の旅客にあります。
また万が一(2)が行われ、先客が席番指定されていたとしても、
事前購入客は当初指定された座席の請求権がなくなるだけで、
指定席特急券としての効力が完全消滅したわけでもありません。
(指定席特急券とは、まず列車指定がありきで席番指定はおまけのようなものです)
車掌に別の座席をあてがってもらえばいいだけですし、
最悪自由席(または立席)にすることも可能です。
よって指定席特急券の途中駅からの乗車は、規則上も運用上も問題はなく、
万が一にも該当座席の請求権がなくなることがあっても、無効にはなりません。
この運用は新幹線回数券やおとくなきっぷ等でも同様です。
(もともと途中乗車を禁止しているきっぷはもちろん除きますが)