子連れでほぼ毎年沖縄を訪れているリピーターです。
カヌチャベイに宿泊経験があります。
既出の部分もありますが、改めてお読み頂ければ幸いです。
２泊３日で南北に離れた観光となると時間があるようでないというのが実感です。
レンタカーの配車は意外と時間がかかります。
まず配車ですが、飛行機が到着してからレンタカーが出発できるまで、空港営業所で１時間以上（大体９０分近く）、ＤＦＳで９０分以上かかります。
返車は復路便出発の時間から逆算して、空港営業所で９０分前まで、ＤＦＳで１２０分前までというのが通例です。
注意点ですが、ＤＦＳで免税品を購入する際、タイムリミットがあります。
復路便出発の２時間前迄に免税品購入を済まさなければなりません。
最終日にＤＦＳ返車の後に免税品購入をなさる場合は買い物時間を加味して更に早い返車を余儀なくされます。
（買い物に一時間充てるとすると３時間前の返車という事になります。）
復路便の時間次第ですが、午後の早い便ですとあまり余裕はないかも知れませんので、初日もしくは２日目（晩）に免税品を購入してしまうというのも選択肢だと思います。
首里城やひめゆりの塔は帰りの飛行機の時間次第で初日になるか最終日になるかだと思いますが、現時点では情報不足でお答えしずらいです。
水族館は初日に行くことも可能ですが、カヌチャのチェックイン・アウトに絡んだ滞在時間も考えると、二日目になさったほうがよろしいかと思います。
首里城はライトアップの時間がありますので、二日目の那覇入り時間次第ではこちらを狙ってみるのもよろしいかも知れません。
潜水艦というのが万座ビーチホテルのサブマリンＪｒ．でしたら、水族館の帰りの南下途中に組み込まれるとよろしいかと思います。
形状は子供に人気ですが、他のグラスボートとは異なり、船内の横窓から横や下の方向を覗くスタイルです。
（グラスボートは真下を覗くタイプです。）
位置的に万座毛の観光もできますので、セットで考えてもよろしいかと思います。
万座毛自体は３０分もあれば見学できてしまいます。
どの時間に訪れてもそれぞれの空と海の色を堪能できると思います。
また、他の方もお勧めしていますが、ナゴパイナップルパークは水族館から名護方面に向かう道中にありますので、お時間に余裕があれば立ち寄られてもよろしいかも知れません。
大人的にはイマイチな感じですが、ここのパイナップルカートはオートで走行します。
お子さんにハンドルを握らせてあげれば運転手気分に浸れること請け合いです。
うちの子供（の幼児期）は帰宅後もしばらくは「僕が運転してあげた」と鼻高々でした（笑）。
カヌチャの屋外プール（ビーチサイド）には子供用プールがあり、滑り台もあります。
着水地点の水深も浅いので安心です。
連泊ではないですし、翌日の水族館行きを考えると、できればカヌチャに早めに着いて、プールで遊ばせてあげる時間を長くとるようにするとお子さんも喜ばれるのではないかと思います。
ビーチですが、カヌチャの在る東海岸のビーチは西海岸に比べて台風や低気圧の影響を受けやすく波が荒めです。
カヌチャは人工ビーチではあるのですが、荒波の日は引き波で砂底がかなりえぐられてしまい、急に深くなったり底に敷き詰めてあるブロックが剥き出しになってしまう事もあります。
（一昨年の事ですが、剥き出しになったブロックに親指を痛打し負傷しました。）
カヌチャは周囲に何もないといっても過言ではない滞在型ホテルの典型です。
夕食は名護まで足を伸ばすかホテル内で済ますしかないのですが、ホテル内のＢＢＱは結構気に入りました。
現在もあるか分かりかねますが、ファミリーセットという３人分の価格で４人分の盛りというのがお得感がありました。
今まで沖縄の色々なホテルでＢＢＱを食しましたが、カヌチャのＢＢＱが一番美味しかったと思います。
（やんばる島豚が特に美味しかったです。）
マンモスホテルの割にテーブル数が少なく、夕食時ですとタイミングが悪いとかなり待たされてしまいます。
ＢＢＱに限らず、ホテル内の後夕食はご到着後できるだけ速やかにご予約なさったほうが確実です。
ロビー・お部屋・ビーチハウスでもレストランに電話をつなげてもらえます。
カヌチャは敷地が広すぎるが故に無料巡回シャトルカー又は有料カートで移動しなければ食事会場にもビーチにもプールにも行けません。
（正確には行けますが、徒歩ではえらく距離があったり坂があったりします。）
無料巡回シャトルカーであれば文字通り無料なのですが、余所の家族がカートに乗っている姿を見るとおそらくお子さんが羨ましがってしまうと思います。
もし、有料カートをご利用になるのでしたら、事前に予約なさったほうが無難です。
意外と台数が少なく、その日や前後の日程や利用状況によっては、行っていきなりのレンタルができない事もあります。
ホテルにお問い合わせになるか、ニッポンレンタカー（だったと思います）のカヌチャ営業所にお問い合わせなさって下さい。
前後しますが、飛行機の上昇時・下降時に気圧変化による耳痛に襲われます。
大人は対処法を知っていても幼児・乳児が実践するのは難しく、痛さで泣き叫んでしまうと思います。
ドリンクや飴玉などを予めご用意なさるとよろしいかと思います。
機内で飴玉を配るサービスがありますが、上昇時・下降時には基本的に機内サービスはありませんので、搭乗時に飴玉をもらっておくとよろしいかと思います。
誤飲の心配があればチュッパチャプスのような棒付きのものがお勧めです。
普通は耳痛が治まればケロッとしてしまうものですが、個人差があって、痛さと泣き叫びで疲弊してしまい発熱に至る例もあるそうです。
特に初日はお子さんの体調を最優先してあげて下さい。
長々と脈絡なく綴ってしまいましたが、他にお知りになりたいことがあれば遠慮無く補足要求なさって下さい。
子連れ旅行経験者として、知りうる限り補足させて頂きます。
お礼
情報不足の中、詳細に渡ってアドバイスくださってありがとうございます。是非参考にさせていただきます。