ポケモンサファイアでは野生のクヌギダマは出現しませんので、クヌギダマはゲット出来ません。
ポケモンエメラルド以外で、クヌギダマをゲットの方法としては、ゲームキューブ版ポケモンコロシアムのリライブしたフォレトスをGBAケーブルを使い交換して、フォレトスを育て屋に預けて卵をもらい、クヌギダマをかえらせるか、ゲームキューブ版ポケモンXD闇の旋風ダークルギアからリライブしたクヌギダマをGBAケーブルを使い交換する方法がありますがゲームボーイアドバンス版のポケモン交換ためには、ゲームキューブ版ポケモンコロシアムもしくは、ゲームキューブ版ポケモンXD闇の旋風ダークルギアのエンディングを向かえた後でないと交換が出来ないリスクもあります。
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ありがとうございます。とても参考になりました。