奇遇ですが、私は先々月福岡と長崎に2泊3日旅行行ってきました。
といっても条件が多少違うと思うので参考にどうぞ。
とりあえず、福岡基準でいくのであればたぶん北九州方面(門司港・スペースワールド)へ行くかどうかというところで決まると思います。
北九州へ行くとしたら明らかに長崎へ行くのは非現実かもしれないです。ちなみに博多から長崎までは電車か高速バスで2時間~3時間くらいです。博多~北九州(小倉)は新幹線でなく普通の電車で1時間くらいのようです。門司はもっととおいかも。
おそらく福岡より長崎のほうが観光するところは多いので、福岡からということでは1日ではなかなか難しいかもしれないです。
ちなみに私の場合は長崎市内は既に旅行したことがあり、先日は福岡観光して雲仙温泉へ行きました。(確かに福岡だけだとちょっと物足りないかも・・・)
ちょっと無謀でしたが、観光するところが範囲が狭いのでなんとかなったかもしれないです。長崎市内だけでもめぐるところ結構ありますからね。
あと、長崎の場合は空港が長崎市内・佐世保市内から離れていることも考慮に入れたほうがよいです。バスで1時間以上かかります。ただ、福岡博多の場合は地下鉄ですぐですが・・・
正直、長崎行きたいと思うなら長崎ONLYのほうがおすすめです。長崎市内+佐世保がよいのかなぁと思います。
福岡なら福岡だけで・・・1日目は大宰府、2日目北九州、夜は博多戻って屋台、3日目は博多・天神あたりみたいな感じでも結構お腹いっぱいかもしれないですね。