#1の方の言うとおり簡単です。
具体的には、以下のようにすればいいです。
但し、どちらがC,Dドライブとか、フォーマットがFAT32、NTFSなどによって注意事項もありますから、以下のサイトを参考にしてください。
わかりやすく、説明されてますよ。
Windows9x/Me と Windows NT/2000/XP のデュアルブート
Windows9x 系 OS が1つだけの場合、Windows NT/2000/XP の NTLDR を使ってデュアルブートを構成できます。
NTLDR は、ファイルにコピーした Windows9x のブートセクター (bootsect.dos) を使って Windows9x 系 OS を起動します。(Windows9x の後から Windows 2000 を導入した場合、Windows9x のブートセクターは自動的に bootsect.dos ファイルに格納されます。)
ブートセクターは、bootpart ユーティリティや、Debug コマンドでファイル化することも可能です。
2-1.Windows9x/Me が C ドライブに導入されている場合
Windows 2000/XP を導入可能な容量を持つ C ドライブ以外のドライブを確保します。
(基本領域でも論理ドライブでも、2 台目の HDD でもかまいません。)
Windows9x/Me を起動し、Windows 2000/XP CD-ROM をセットします。
「アップグレードしますか?」で、「いいえ」をクリックします。
「新規インストール」にチェックして「次へ」をクリックします。
「特殊なオプションの設定」画面で「詳細設定」ボタンをクリックします。
「Windows インストールの場所」でフォルダ名を設定し、「セットアップ中にインストールパーティションを選ぶ」をチェックします。
指示に従ってセットアップを完了します。(C ドライブ以外のドライブにインストールすることに注意してください。)
PC 起動時に Windows 2000/XP と Windows9x/Me の選択画面が表示されるようになります。
2-2.Windows 2000/XP が C ドライブに導入されている場合
2-2-1. C ドライブが FAT/FAT32 の場合
Windows9x/Me を導入可能な容量を持つ C ドライブ以外のドライブを確保します。
(基本領域である必要はありません。論理ドライブである D ドライブなどで OK です。)
Windows9x/Me 起動ディスクで起動して、Windows9x/Me のセットアップを開始します。
途中、Windows 導入先として C:\WINDOWS を提示されますが、「別のフォルダ」を選択して C ドライブ以外のフォルダ (D:\WINDOWS など) を設定します。
通常通り Windows のセットアップを完了します。
Windows 2000/XP が起動しなくなっているので、「後から Windows9x を導入したらブートメニューが出なくなりました」を参照して Windows 2000/XP の起動環境を復活させます。
PC 起動時に Windows 2000/XP と Windows9x/Me の選択画面が表示されるようになります。