まず私は動画環境はWindowsに移したので、Macの動画ソフトは詳しくないので、一般的な手法だけアドバイスします。
まず元の動画をタイムラインの上に乗せます。
iMovieでもクリップとタイムラインの切り替え表示が出来ますから、これは理解できますね。
そして合成をやりますけど、動画のタイムラインが複数必要になります。
私のiMovieはVer.3ですから、どうも無かった記憶ですけど、ご質問者のバージョンはいかがでしょうか。
いずれにせよ、ぼかしを入れたい場面を静止画で書き出し、画像処理ソフト(Photoshopなど)でぼかし(灰色の長方形とかモザイク)を作り、バックを削除してぼかし部分だけの静止画を作ります。
これをマスクといって、動画に被せます。
時間に従って対象物が動きますから、このマスクもタイムラインのスライダーを動かしながら移動させ、大きさや透明度も変化させます。
ソフトによっては、移動パスといって、イラストレーターの曲線のようなものを描いて、その上を移動させる機能があるものもあれば、直線しかダメなものもあります。
後者の場合は短い時間で目で追いながらマスクをジグザグに移動させていきます。
AfterEfectsには「モーショントラッキング」といって、この作業を自動でやってくれる機能が付いていて楽ですけど、マニュアルでやっても時間がかかるだけの話で、出来ないこともないです。
#2さんとは逆の感想になりますけど、AfterEffectsはプレビューの準備に時間がかかるので、長時間の動画はぞっとしません、私のパソコンのスペックの問題もありますけど、数十秒の動画を複数作り、Premiereに書き出して編集しています。
MacにもFinalCutなどのソフトもあるようですけど、上記のやり方が出来るかどうか確認してみてください。
補足
iMovieは6ですけど、動画のタイムラインはひとつです。 最新バージョンも同様...