まず、建前論から。
市販DVD（に限らずコンテンツパッケージメディアに収録された著作物）の内容を
著作者に無断で改編・編集することは禁じられています。
（コピーガード云々とはまた別な問題。もちろんコピーガードを回避して内容の全体や一部を複製することも同様に法律で禁止されています。但し個人使用の範囲内の目的でディスクのバックアップをとることは現行法では許容範囲内の行為として認められています。）
次に、市販DVDレコーダーやPCで作成した自作DVDビデオ（-Video形式／-VR形式）の音声部分を、ipodに転送することは、
合法的にも可能です。
要するに、iTuneなどのiPodに転送可能なソフトが、読み込み可能な形式に変換できればいい訳です。
DVDレコーダーで作成したDVDビデオの音声形式は、殆どの場合、ドルビー形式（＝AC3形式）かリニアPCM形式、
PCで作成したものは、ドルビー形式（＝AC3形式）かリニアPCM形式か、MPEG Audio Layer-II形式(＝mp2形式)
になります。
DVDビデオのデータを読み込んで、音声ファイルを分離できるソフト（１）と、
AC3、リニアPCM、mp2などを読み込んでくれるiPod対応ソフト（２）
あるいは、読み込んでくれる形式に変換してくれるソフト（３）があればいい事になります。
リニアPCMやmp2は、iTuneも読み込んでくれるケースが多いです。（AC3はそのままでは読み込みません。）
AC3を読み込み可能な形式（例えばmp2やmp3）に直接変換するソフトは私は知りませんが、
確か幾つかあったと思います。（他の方の回答を待ちたいです。）
あくまで一例として私が行った方法を紹介します。
１）「PEGASYS TMPGEnc MPEG Editor」を使って、映像見て音を聞きながら必要な部分を切り出します。
２）同ソフトで、音声部分のみをmp2への変換指定して変換します。
３）同ソフト添付の機能をつかって、音声ファイルを分離します。
これで、iTuneには読み込み可能になりますから、iPodにも（MDにも）転送可能になります。
注：無変換（無劣化）でiPodに転送することは、どんな特殊な方法や高価なソフトを使っても不可能です。元々DVDとiPodは記録するデータ形式が異なっているので（mp2の場合を除けば）何らかの形式変換は必須になります。
お礼
mutsurikuさん ご教授をありがとうございました！ 建前の件も了承いたしました！ これを参考にいろいろと調べて挑戦してみます！