私もkyonnさんやkutiiさんのように考えました。
しかし思い出してみると、草原は広がりましたが人工的な建物は見えませんでした。
時間移動前は学校の周りには一般的な町並みが有ったわけですが、いくら自然を大切にしようと努めたとしても、それまで暮らしてた町を無くしてしまう事は不自然です。
それに、送った手紙も途中で燃え、断片的にしか残ってないので、未来からのメッセージが届いたとは考えにくいです。
つまり、手紙の切れ端をきっかけにミサトとアサミの恋は時間移動前に進展してくのだが、やっぱり時間移動は起こってしまって(笑)、頑張って緑を増やしたのでは。
というのが私の考えです。
詰まるところ、あえてアバウトなエンディングにして、その後は視聴者の想像に任せる、というのが製作側の意図と思われるので、自分の好きなように想いめぐらすのが良いのでは（これでは回答にならないのかな(笑)）。
そう言えば原作も違った感じではありますが、エンディングはあきらかになりませんでしたね。
