2年前の9月に行ったときの経験では、
バスも悪くありませんが、フェリーのほうがおすすめです。
一方をバスで、もう一方をフェリーで行かれてはいかがでしょうか?
フェリーとはいっても、波静かな大村湾内を航行するので、
船酔いする心配はほとんどしなくてもいいと思います。
所要時間もバスよりは早いです(約45分)。
ハウステンボス内のマリンターミナルを降りると
すぐにアミューズメント施設やショップが立ち並んでいるので、
旅行気分を満喫したいなら、フェリーのほうが断然オススメです。
ただし前日までに予約が必要です。
それと長崎空港側のマリンターミナルは少し遠くわかりにくいかも。
バスの長所は、料金が安い(1,100円)、予約が要らない、
到着時間にあわせて1時間に1~2便運行する、
長崎空港からバス乗り場までは近くてわかりやすい、といったところです。
ただこのバスは、長崎空港からハウステンボスへの直行便ではなく、
ハウステンボスにも停まる路線バス、という感じなので、
他のバス停にも停まりますし、バスは降りたらすぐに発車します、
それに高速道路を走るわけでもありませんので、何度となく信号でも停車します。
長崎県内の町内を走る路線バスに乗っていく、ような感じです。
また渋滞や交通事故があれば大幅に遅れることも考えられます。
2年半前の経験なので、もし変わっていたらごめんなさい。
フェリーなら10;15,11:20に長崎空港→ハウステンボスの便があります。
バスダイヤは毎月25日頃に翌月のダイヤが決まるそうなので、
気になるようでしたら、西肥バス(TEL 0956-23-2121)にお問い合わせを。