ROM版はデータを読み込む時間がほぼかかりません。CD-ROM版はデータを本体内のメモリに読み込んでからゲームをプレイするのですが、メモリの読み込み速度の遅さと読み込むデータ量の大きさからかなりの時間がかかります。対戦格闘ゲーム(KOFなど)の場合はキャラが変わるごとにデータを読みに行きますから、読み込み時間が苦痛となります。冗談ではなくて読み込み時間とゲームをする時間のどちらが長いかわからないくらいです。
CD-ROM版のメリットはソフトが安いということくらいでしょうか。ROMカセットは発売当初は2,3万はしましたが(CD-ROMは5,6千円くらいでした)中古で探すのならタイトルにもよりますが、かなり安くなっていると思います。
ROM版の本体は現在でも人気がありますのでそれなりの値段はすると思いますが、それでもROM版の本体を購入することをおすすめします。