パンフォーカスとオートフォーカスというのは、レンズのピントの合わせ方の事を言われたのだろうと思います。
パンフォーカスは、固定焦点のことです。だいたい2m位の所にピントが合うようにカメラが設計されています。
レンズの被写体深度(絞りを絞るほどピントが合う範囲が大きくなる)を利用して、2m以外の所もピントがあっているように見せているのです。レンズ付きフイルム(写ルンですなど)を思えばわかりやすいかと思います。
ですから、暗いところで写すほどピントは甘くなっていきます。(2m以外)
オートフォーカスは、自動焦点のことです。これもピント調節を連続的に変えられるものと、段階的に変えられるものがあります。前者の方がコストが掛かります。
「止めたほうが良い」と言われたのは、たぶんパンフォーカスの方がピントが甘くなるよという意味だったのだろうと思います。
あと、パンフォーカスというのは、オートフォーカスカメラでも(でなくても)わざと、ある距離にピントを合わせて絞りをおもいきり絞り、近景から遠景まですべてピントが合ったようにみせる事も言うのですが今回のご質問とは関係ないと思います。
結局、パンフォーカスとオートフォーカスというのはコストの違いでそうなっていると思ったらいいのではないでしょうか?