yan2014さんのやり方でOKでした。
ポイントはCD-Rで起動した場合、あくまでも起動ドライブはA:なのですが、このドライブ用には本来のCDドライブとしてのドライレターにも存在すしてしまい、ブートイメージ以外のファイルはこっちのドライブに存在する、ということみたいです。
yan2014さんの例をとれば
A:がブートドライブで
E:がFD(FD.exe)
となり、1のドライブが2役する感じでしょうか?
B's Gold でいけば トラックの種類→データ→右クリックトラック情報→ブータブルCD/DVD→起動ディスクから作成(もしくは、汎用的な起動ディスクイメージより作成)とやって、実行をすればOKです。