すでに皆様から出ていますが。
マイコンピュータかエクスプローラで、3.5インチFDを右クリックして、「フォーマット」で、「起動専用」を選ぶと、最低限のDOSのシステムが入ったFDができます。
これに、C:\Windows\command(場所は、機種によりちがうかも)からFDに、format.comとfdisk.exeを、エクスプローラで「コピー」して「貼り付け」れば、スカスカ(未使用領域の多い)のFDができます。
ただし、これではCDドライブは使えません。また、キーボードが日本語が使えないので、¥や:を打つときは、](む)キーで\(バックスラッシュ)やShift+;(セミコロン)を使う必要があるかもしれません。
config.sysを以下のようにWindows98起動ディスク1の「common」の部分だけにすれば、日本語が使えますが。
(himem.sys BILING.SYS JFONT.SYS JDISP.SYS JKEYB.SYSとKanji16.fntもFDにコピー)
device=himem.sys /testmem:off
files=10
buffers=10
dos=high,umb
stacks=9,256
DEVICEHigh=BILING.SYS
DEVICEHigh=JFONT.SYS /MSG=OFF
DEVICEHigh=JDISP.SYS /HS=LC
DEVICEHigh=JKEYB.SYS
rem devicehigh=ramdrive.sys /E 2048
lastdrive=z
Autoexec.batは不用。(だと思いました、たしか^^;)