どちらも泊まったことがないので責任のある答えではないのですが、Downtownの方は住所から見るとUnion Squareから南西に2ブッロク行ったところですから、観光に便利なところですし治安も問題ないと思います。Citycenterの方はちょっと思い当たるところがありませんでした。
San Franciscoの主なユースホステルをリストしてあるページがありますので参考URLに書いておきました。Citycenterとおっしゃっているユースホステルがこの中にあれば、名前を教えていただければ少なくとも立地条件などについてはコメントできると思います。