ADOBEのサポートの情報によると、
Solutions （解決方法）
下記のいずれかの方法をお試しください。
A：
1. Illustrator 9.0.x を終了します。
2. Illustrator 9.0.x を起動します。
3. [ファイル]メニューから[新規...]を選択し、新規ファイルを作成します。
4. 問題の現象が確認されるAdobe PDFファイルを開きます（[ファイル]メニュー／[開く...]）。
5. [ファイル]メニューより[保存]を選びます。
6. ファイル形式に[Adobe PDF形式]を選択します。
7. Adobe PDF 形式オプションダイアログより[Illustrator 編集機能を保持する]にチェックをいれます。
B：
1. Illustrator 9.0.x を終了します。
2. システムフォルダ/初期設定フォルダよりAdobe Illustrator 9.0.xJ フォルダを削除します。
3. システムフォルダ/アプリケーションサポート/Adobe/TypeSpt/AdobeFnt.lstを削除します。
4. システムフォルダ/アプリケーションサポート/Adobe/Fonts/AdobeFnt.lstを削除します。
5. Adobe Illustrator 9.0.2/必須ファイル/フォント/AdobeFnt.lstを削除します。
6. Illustrator 9.0.x を起動します。
7. [ファイル]メニューから[新規...]を選択し、新規書類を作成します。
8. 現象が確認されるPDFファイルを開きます（[ファイル]メニュー／[開く...]）。
9. [ファイル]メニューより[保存]を選びます。
10. ファイル形式に[Adobe PDF形式]を選択します。
11. Adobe PDF 形式オプションダイアログより[Illustrator 編集機能を保持する]にチェックをいれます。
Additional Information （追加情報）
Illustrator 8.0.x で作成した日本語フォントを含んだ Adobe PDF ファイルを Illustrator 9.0.x アイコンに直接ドラッグ＆ドロップで起動し開いたことがあるか、Illustrator 9.0.x の起動直後にファイルメニュー/開くにて最初に日本語フォントを含んだ Adobe PDF ファイルを開いたことがある場合にこの現象が発生します。
Illustrator 9.0.xで作成した日本語フォントを含んだ Adobe PDF ファイルを Illustrator 9.0 の起動直後にファイルメニュー/開くにて最初に日本語フォントを含んだ Adobe PDF ファイルを開いたことがある場合にこの現象が発生します。
Illustrator 9.0.ｘで作成した日本語フォントを含んだ Adobe PDF ファイルを Illustrator 9.0.x アイコンに直接ドラッグ＆ドロップで起動したことがある場合にこの現象が発生します。
Illustrator 9.0.xで作成した日本語フォントを含んだ Adobe PDF 形式で保存する際に、Adobe PDF 形式オプションダイアログより[Illustrator 編集機能を保持する]にチェックをいれて保存したPDFファイルはこの問題が発生しません。
とのことです。
