私はNikonの一眼レフデジカメを使っています。Canonもおそらく同じだろうと思いますので、下に書きます。
ゴミは、受光素子そのものに直接付くわけではなく、受光素子の前にあるローパスフィルターに付きます。ローパスフィルターに付いたゴミは、撮影した画像に写ってしまいます。
付いてしまったゴミは、メーカーのサービスセンターに持ち込んで除去してもらうか、クリーニングキットを買って自分で除去する方法をマスターするかどちらかです。Nikonのサービスセンターの場合は、保証期間中（当初１年）はゴミ除去は無料で行なってくれました。
ゴミが付く可能性を減らすことは可能です。
1) レンズ交換は素早く行なう。ミラーが露出した状態で放置しない。
2) レンズ交換はできるだけ空気のきれいなところで行なう。埃や土の舞っているところでは行なわない。
あとは、一説によると、新品のうちはゴミが付きやすいが、１年ほどたつと付きにくくなるというのも聞いたことがあります。これは、付くゴミは、実はそとの埃などよりも、カメラ内部で生じる金属埃のほうが多いからだそうです。カメラを使っているうちに可動部分がこなれてきて金属埃が発生しにくくなるのだそうです。
私も、新品から１年くらいは、頻繁に（２ヶ月に１回くらい）サービスセンターに持ち込んでゴミの除去をしてもらっていましたが、その後１０ヶ月くらいたちますが不思議とゴミが付かなくなりました。だいたい、月に８～１０回程度使用し、5000～7000枚ほど撮り、頻繁にレンズ交換しています。
ゴミがどうしても気になるようでしたらレンズ固定式にするのもひとつの手ですが、EOSを既に持っておられるということはレンズも揃えておられるのではないかと思いますし、それらのレンズを生かすためにも、一眼レフデジカメを買われたらどうでしょうか。Canonはいろいろといい機種を出してきているようですので。
何かわからないことがあれば、さらに聞いてください。
お礼
大変詳細にお答えいただき、参考になりました。特に新しいうちはゴミがつきやすいことも、納得がいきました。すでに持っているcanonレンズをできるだけ生かしたいと思ってます。デジカメによる焦点距離の変更になれるのに時間がかかりそう。EOS D1-Sなら問題ないでしょうが、高すぎます。