Rのパッケージインストールについて

質問

統計解析ソフトRについて質問です（Mac使用です）。
Rcommanderというパッケージをインストールしたあと、ロードを行ってもエラーが出てしまいます。
ちなみにインストールすると

> install.packages("Rcmdr")
Installing package into ‘/Users/****/Library/R/3.0/library’
(as ‘lib’ is unspecified)
URL 'http://essrc.hyogo-u.ac.jp/cran/bin/macosx/contrib/3.0/Rcmdr_1.9-6.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 3759850 bytes (3.6 Mb)
開かれた URL
==================================================
downloaded 3.6 Mb

となり、ロードをする際には
> library("Rcmdr")
Error : .onLoad は loadNamespace()（'tcltk' に対する）の中で失敗しました、詳細は:
call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
error: 共有ライブラリ '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.0/Resources/library/tcltk/libs/tcltk.so' を読み込めません:
dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.0/Resources/library/tcltk/libs/tcltk.so, 10): Library not loaded: /usr/X11/lib/libfreetype.6.dylib
Referenced from: /usr/local/lib/libtk8.6.dylib
Reason: Incompatible library version: libtk8.6.dylib requires version 14.0.0 or later, but libfreetype.6.dylib provides version 13.0.0
エラー: ‘Rcmdr’ に対するパッケージもしくは名前空間のロードが失敗しました

となります。恐らくインストールはできていると思うのですが‥どのように対処すればよいでしょうか？

回答No.6

ki073

駄目でしたか。
解決になるかは分かりませんが、バージョンを10.6.8まで上げてください。
リンゴメニューの「ソフトウエア・アップデート」を選べば可能です。OSのアップデートを全然やっていないのかなあ。
最終的には10.6.8になるはずです。順番にアップデートしていきますので何度かアップデートの画面が現れると思います。

libfreetype.6.dylibが古いということだと思います。これで解決すればよいのですが。

＞XQuartzとX11のインストールは行ったのですが、それらが起動しているか否かについてはどのようにすれば分かりますか？
アプリケションが立ち上がると、DocにXQuartzかX11のどちらかが表示されます。エラーから見るとたぶん起動していないと思います。

回答No.5

ki073

>必要なライブラリがないということでしょうか？
otoolというコマンドが見つからないということです。ライブラリが見つからないのではありません。
最初からotoolが入っていると思っていたのですが、もしかしたら無いのかも知れません。
Xcodeという開発ツールをインストールしたときに一緒にインストールされるのかも知れません。

これはいろいろなソフトをインストールするのに必要なことがあるので、気持ちの余裕ができたらインストールしておいてください。
10.6用としてはXcode 3.2.6が一番新しいものです。

さて、こちらにあるOSX 10.6が入っているMac miniでやってみましたけど正常に立ち上がります。OSのバージョン問題ではないようです。
library("Rcmdr")
の後にどのようなメッセージがでますでしょうか？
要求されたパッケージcarをロード中です
要求されたパッケージMASSをロード中です
要求されたパッケージnnetをロード中です
などと出て正常に起動します。

駄目でしたら次の確認してください
1) library("Rcmdr")と入力したときに、XQuartzあるいはX11が起動しているはずですが、どうでしょうか？
2) OSのバージョンを確認してください(リンゴメニューの「このMacについて」で表示されます)
10.6.8になっていますか？それとプロセッサの表示はどうなっていますか？

補足

何度もありがとうございます。
library(Rcmdr)と入力すると、

> library(Rcmdr)
要求されたパッケージ car をロード中です
要求されたパッケージ MASS をロード中です
要求されたパッケージ nnet をロード中です
Error : .onLoad は loadNamespace()（'tcltk' に対する）の中で失敗しました、詳細は:
call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
error: 共有ライブラリ '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.0/Resources/library/tcltk/libs/tcltk.so' を読み込めません:
dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.0/Resources/library/tcltk/libs/tcltk.so, 10): Library not loaded: /usr/X11/lib/libfreetype.6.dylib
Referenced from: /usr/local/lib/libtk8.6.dylib
Reason: Incompatible library version: libtk8.6.dylib requires version 14.0.0 or later, but libfreetype.6.dylib provides version 13.0.0
エラー: ‘Rcmdr’ に対するパッケージもしくは名前空間のロードが失敗しました

というように出てきます。

１）XQuartzとX11のインストールは行ったのですが、それらが起動しているか否かについてはどのようにすれば分かりますか？
２）「このMacについて」では「10.6.6」と表示されます。プロセッサは「2.3 GHz Intel Core i5」です。

回答No.4

ki073

/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.0/Resources/library/tcltk/libs/tcltk.so
は存在しているということでしょうか？
これはRをインストールしたときに一緒にインストールされるはずですので、まあ問題ないかとは思います。

さて、tcltk.soが必要としているものが不足しているのかも知れません。
ターミナル(/アプリケーション/ユーティティにあります)を起動して、
otool -L /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.0/Resources/library/tcltk/libs/tcltk.so
と入力してください。（otool ～ tcltk.soまで一行です）
こちらでは
/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.0/Resources/library/tcltk/libs/tcltk.so:
tcltk.so (compatibility version 0.0.0, current version 0.0.0)
/usr/local/lib/libtcl8.6.dylib (compatibility version 8.6.0, current version 8.6.0)
/usr/local/lib/libtk8.6.dylib (compatibility version 8.6.0, current version 8.6.0)
/usr/X11/lib/libX11.6.dylib (compatibility version 9.0.0, current version 9.0.0)
/usr/X11/lib/libXss.1.dylib (compatibility version 2.0.0, current version 2.0.0)
/usr/X11/lib/libXext.6.dylib (compatibility version 11.0.0, current version 11.0.0)
/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.0/Resources/lib/libR.dylib (compatibility version 3.0.0, current version 3.0.0)
/System/Library/Frameworks/CoreFoundation.framework/Versions/A/CoreFoundation (compatibility version 150.0.0, current version 550.44.0)
/usr/lib/libSystem.B.dylib (compatibility version 1.0.0, current version 125.2.11)
と表示されます。OSX 10.8なので10.6とは多少違うかもしれませんが、必要なライブラリ無い場合にはnot foundとなっている行が有ります。確認してください。

それとRがバージョン3になってところですので、一つ前のバージョン
http://cran.md.tsukuba.ac.jp/bin/macosx/old/R-2.9.2.dmg
ではどうしょうか。

補足

ターミナルから確認したところ、
otool:commandnot found
と表示されました。
必要なライブラリがないということでしょうか？

回答No.3

ki073

追加ですが、XQuartz関連のエラーの可能性もありますので、No.2で解決しなければ、
No.1に書いた方法でXQuartzをインストールしてみてください。(10.6以降だと思いますので)

補足

詳しいご説明をしていただき、誠にありがとうございます。
XQuartzのインストールも行ったのですが‥

No.2の補足のように、tcltk.soを開くアプリケーションとは何でしょうか？

回答No.2

ki073

No.1の補足欄について
まず確認ですが、OSのバージョンとRをインストール方法( No.1に示したパケージをつかったのか、あるいはmacportsなどでインストールしたのか)を書き込んでください。

/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.0/Resources/library/tcltk/libs/tcltk.so
の確認方法ですが、初心者でしたら、
FInderの「移動」メニューの「フォルダへ移動...]を選択し、
/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.0/Resources/library/tcltk/libs/
と入れてください（ファイル名の前まで）
tcltk.soのファイルが見えるはずです。エラーが出たら入力したフォルダが存在しません。

パッケージインストーラでインストールしたときには、ウインドウ「Rコンソール」にインストールに成功したか関連するメッセージが出るはずです。

補足

OSは10.6.8、RのインストールはNo1.でお示しになったパッケージを使いました。

/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.0/Resources/library/tcltk/libs/tcltk.so
を確認したところ、
「書類"tcltk.so"を開くアプリケーションが設定されていません」
と表示されました。

回答No.1

ki073

Rのインストール(/Library/Frameworks/R.framework)がうまく出来ていない可能性が高いです。
/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.0/Resources/library/tcltk/libs/tcltk.so
が存在するか確認してください。

こちらからダウンロードしたもの(R-3.0.0.pkg)
http://cran.md.tsukuba.ac.jp
をインストールし、Rの「パッケージとデータ」メニューの「パッケージインストーラ」でRcmdrをインストールしたもの（他のパッケージも若干必要であるのでメッセージがでますのでその指示に従う）で問題なく起動しております。
それとOSが10.8だとXQuartzも必要ですので、
http://xquartz.macosforge.org/landing/
から入手してください

補足

ご回答ありがとうございます。

初心者で申し訳ないのですが
/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.0/Resources/library/tcltk/libs/tcltk.so
の存在はどのようにして確認するのでしょうか？

また、パッケージインストーラーでRcmdrをインストールしても、警告のメッセージが出て来きまん‥（通常は出ると思うのですが‥。