nanodropの測定精度について

質問

いつも御世話になってます。

nanodropでDNA濃度を測定しているのですが、電気泳動での濃度と著しく一致しません。
nanodropでは1μg/μl以上の数値が出るのに、泳動してみると数百ngしか出てこないんです。
何度もやっているので、泳動の技術的な問題ではない気がするのですが。
nanodropは核酸を測るものなので、RNAが多いのかとも思ったのですが、泳動ではRNAはでてこないし、RNaseも添加しているためそうとは考えにくいのです。
また、通常DNAの260/280比は1.8くらいらしいのですが、私の場合では1.9代がほとんどで、260/230比も2.3付近と高い数値が出てしまいます。
どなたかご助言いただけたら幸いです。

回答No.1

Dr_Hyper

いろいろと考えられますが、
ゲノムDNAなど分子量の大きなもののコンタミがないものとして、
nanodropでの測定で時間がかかってませんか？
１μlを乗せてsample名などを入力して。。。で濃度がかなり上昇します。水分の蒸発が主な原因です。2ulほど乗せて数回すばやく計測してみて変化が無ければ、蒸発ではないと思います。あとよくあるのはATPやdNTPなどゲルに流してもわからない低分子量の核酸のコンタミです。

お礼

ご回答ありがとうございます。
測定には２μlを使用していますし、サンプル名入力には2秒もかかっていないので、蒸発の影響はあまりないと思います。
バイオ初心者なので初歩的な質問かもしれませんが、大腸菌からアルカリ法でDNA精製をする場合、この工程でATPやdNTPがコンタミする可能性はあるのでしょうか？