文字コードについて（どのファイルをどの文字コードにしてWeb開発を進めていくべきか）
【疑問の背景】
文字コードについて（どのファイルをどの文字コードにしてWeb開発を進めていくべきか）
国際標準で使われているUTF-8で統一しておけば問題はないだろうと思って開発を進めていると・・・
UTF-8は「日本語が2～4バイト」で扱われるという、バイトの扱いが厄介であるため、
できればJavaでのUTF-8で開発は避けたい、だから「Shift-JIS」にしておきたいという話があがり、
各々のファイルにどの文字コードを設定すれば良いのかがわからなくなっている状態です。
いくつかの疑問がでていまして
判る範囲で構いませんので文字コード設定の判断についてのアドバイスいただけませんでしょうか？
【現在の開発文字コード】
HTMLファイル: UTF-8
JSPファイル： UTF-8
Javaファイル(servlet)： UTF-8
Javaファイル(Bean)： UTF-8
Javaファイル(JSPから出来たサーブレット)： UTF-8
データベース： UTF-8
【設定したい今後の予定文字コード】
HTMLファイル: UTF-8
JSPファイル： UTF-8
Javaファイル(servlet)： Shift-JIS
Javaファイル(Bean)： Shift-JIS
Javaファイル(JSPから出来たサーブレット)： Shift-JIS
データベース： UTF-8
【疑問１】
javaファイル(servlet,Bean）をどのコードにすべきかについて
全てS-JISにした方がいいのか、UTF-8にした方がいいのかどうあるべきなのでしょうか？
（UTF-8 で 「日本語が2～4バイト」として扱われると、どういった弊害が発生するのでしょうか？）
【疑問２】
javaファイルをS-JISに変える方法について
今はサクラエディターというツールで
名前を付けて保存 → 文字コードセット「Shift-JIS」 → 保存 → ファイル名の文字コードセットの変更完了
今はエクスプローラーから直接フォルダの中にあるファイルを触っている状況なのですが、
eclipseから「ファイルの文字コードセットを変更する方法」はありますでしょうか？
【疑問３】
「Shift-JIS」に設定して開発していく必要性について
既存で「utf-8」で設定されているjavaファイルを、「Shift-JIS」に設定して開発していく必要性はあるのでしょうか？
（all in one eclipse 3.4 を入れたとき、デフォルトで「utf-8」でjavaファイルが作られるつくりになっているみたいなのですが・・・）
【疑問４】
javaファイル作成時、「Shift-JIS」の形式でファイルを生成する方法について
現在、javaファイルを作成する場合「utf-8」のコードでjavaファイルが生成されるようになっています。
【自作で作成したjavaファイルの場合】
「サクラエディターを使用して、文字コードセットをShift-JISに変更すれば、ずっとShift-JISのファイルの状態」にすることができました。
しかしここで問題が出たのですが
【JSPファイルから自動生成されたjavaファイル(servlet)の場合】
「サクラエディターを使って、Shift-JISに変更した後に、JSPファイルを編集すると、また“utf-8に戻ってしまう” 状態」です。
現状としては「JavaファイルはShift-JISに統一して欲しい」という要望なので、
JSPから自動生成されたjavaファイルが "utf-8" になってしまいます。
JSPから自動生成されたjavaファイルを
"常にShift-JISに設定する" 方法はありますでしょうか？
【環境】
OS
・WindowsXP Pro
java開発環境
・all in one eclipse(3.4)
・TomCat(6.0)
・Java JRE(1.6)
・MySQL(5.0)
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